内蒙古乌梁素海湿地生态系统国家野外科学观测研究站由内蒙古农业大学河湖湿地水环境保护与修复技术创新人才团队2000年在乌梁素海建设的野外监测研究实验站的基础上申请而来。2007年内蒙古农业大学与内蒙古河套灌区管理总局签订了共建协议，由双方共同出资建设了内蒙古农业大学红圪卜试验基地，为乌梁素海湿地的野外观测和科学研究提供了保障条件。2011年国家林业和草原局以《关于内蒙古乌梁素海湿地生态系统定位研究站建设项目可行性研究报告的批复》（林规批字[2011]219 号）批准建设内蒙古乌梁素海湿地生态系统定位研究站，正式加入国家林业和草原局陆地生态系统定位研究网络（CTERN）。其建设单位为内蒙古巴彦淖尔市乌梁素海自然保护区管理局，技术依托单位为内蒙古农业大学。经过多年建设，乌梁素海湿地生态站在基础设施、资源保护和科学研究方面取得一定成绩。目前已建成综合实验楼、地面气象观测场、综合梯度测场、测流堰等生态站必需的基础设施和观测设施，购置了气象、水文、土壤、湿地健康等观测设备、实验室分析仪器设备以及观测船。2015年完成生态站的建设，并申请验收。2016年5月，内蒙古自治区林业和草原局以内林计发[2016]188 号文件，批复乌梁素海湿地生态系统定位研究站建设项目竣工通过验收。2018年，国家林业和草原局办公室以办科字[2019]10号文件中公布内蒙古乌梁素海湿地生态系统定位研究站在中国陆地生态系统定位观测研究站网中评估为优秀。
